Vorsitzender des Vorstands ist Apostel Matthias Pfützner. Er vertritt als Kirchenpräsident die Kirche nach innen und außen.
Am 3. Juni 2018 beauftragte Stammapostel Jean-Luc Schneider den bisherigen Apostel Jürg Zbinden als Bezirksapostel für den Bezirksapostelbereich Schweiz. Er betreut somit als Seelsorger neben anderen Ländern auch die Gebietskirche Österreich. Dabei wird er von Apostel Matthias Pfützner und Bischof Peter Jeram unterstützt.
Er betreut zusammen mit Bischof Peter Jeram die Gemeinden in den sieben Kirchenbezirken in Österreich. Zusätzlich betreut er die Gebietskirchen Slowenien, Tschechien, Ungarn und in der Schweiz die Gemeinden in den Bezirken Graubünden, St. Gallen und Wil.
Apostel Pfützner ist der Kirchenpräsident der Neuapostolischen Kirche in Österreich. Unterstützt wird er dabei durch den ständigen Vertreter des Kirchenpräsidenten Hirte Walter Hessler, welcher die Kirche in den Beziehungen zu den anderen Kirchen und Religionsgesellschaften sowie gegenüber den staatlichen Organen der Republik Österreich vertritt.
Er ist Bischof für die Gebietskirche Österreich und unterstützt in dieser Funktion Apostel Pfützner in der Neuapostolischen Kirche in Österreich.
Der Vorstand der Neuapostolischen Kirche Österreich setzt sich zusammen aus dem Kirchenpräsidenten Apostel Matthias Pfützner, dem ständigen Vertreter des Kirchenpräsidenten Hirte Walter Hessler, sowie Bischof Peter Jeram, Bezirksältestem Hans-Jürgen Brunner und Bezirksältestem Michael Wall.
Rechtliche Grundlage der Neuapostolische Kirche in Österreich bilden die Verfassung.